Ad Alunzio, il periodo medievale  inizia nel 1061 quando i Normanni occupano il suo territorio, lo ribattezzano San Marco e  Roberto il Guiscardo vi fa costruire  un grande castello ben difeso e fortificato.
Esso, a guardia del quale viene posto Guglielmo de Male, viene infatti eretto sulla cima del monte Rotondo in una posizione strategica tale da permettere il controllo della costa tirrenica da Cefalù a Capo d’Orlando e fino alle isole Eolie.
Questo castello, ai piedi del quale si  sviluppa l’abitato, dal 1090 al 1112, diviene la residenza degli Hauteville,  in modo particolare di Adelasia, madre e reggente di Ruggero II, ma è anche un luogo sicuro tanto che in seguito,  vi si rinchiudono i cospiratori più importanti della congiura contro il cancelliere Stefano de Pérche.
A partire dal 1081 San Marco pur passando sotto la giurisdizione del Conte Ruggero, non diviene feudo ma resta alle dipendenze del Regio Demanio; alla fine del XIII secolo San Marco passa a Garcia Sancio de Esur.
Nel corso del XIII e del XIV secolo, vi coesistono una fiorente comunità ebraica  composta da 350 anime, un nucleo latino ed uno greco.
Intorno al 1320 re Federico  concede San Marco al fratello Sancio d’Aragona e dopo alterne vicende, il 2 settembre del 1398, re Martino la concede ad Abbo Filingeri, figlio di Riccardello signore di Licodia e Montemaggiore che in tal modo viene ricompensato dal re Martino per i servigi resigli fin dal 1392.
Nel 1396 Abbo viene armato cavaliere, nel 1397 è Alcade di Cefalù e nel 1398 ottiene San Marco in cambio di Isnello che aveva avuto in concessione l’anno precedente.
Nel 1453 re Alfonso nomina Riccardo Filingeri Conte di San Marco.